پایان نامه درمورد مواد و روشها و استان همدان

دانلود پایان نامه

الف- SDS-PAGE

  • Sodium Dodecyl Sulphate Polyacrylamide Gel Electrophoresis تکنیکی است که به میزان گسترده در بیوشیمی، ژنتیک و زیستشناسی مولکولی به منظور جداسازی پروتئینها استفاده میگردد.
    در این روش از ژل پلیاکریلآمید غیرپیوسته به عنوان یک محیط نگهدارنده و
    سدیمدودسیلسولفات برای شکستن ساختمان ثانویه پروتئینها استفاده میشود که به نام روش لاملی نیز معروف است. لاملی اولین کسی بود که راجع به کاربرد SDS-PAGE در مطالعات علمی، مقالهای ارائه داد. در ژل غیرپیوسته از بافرهای متفاوتی در تانک و ژل استفاده میشود. حتی درون ژل نیز از دو بافر با pH متفاوت استفاده میگردد. مزیت ژل غیرپیوسته نسبت به ژل پیوسته، که در آن تنها از یک بافر استفاده میشود، این است که باندها ابتدا در یک نوار باریک جمع شده و بنابراین پروتئینها با وضوح بیشتری از هم جدا میشوند.
    ژل مورد استفاده، شبکهای تشکیل شده از اکریلآمیدهای متصل به هم میباشد. معمولترین روش ایجاد این ماتریکس، ایجاد برهمکنش بین اکریلآمید و بیساکریلآمید است که توسط دو ترکیب دیگر (آمونیومپرسولفات و تمد ) کاتالیز میشود. ژل اکریلآمید موقعی شکل میگیرد که مخلوط اکریلآمید و بیساکریلآمید در زنجیرههای بلند کووالانت پلیمریزه شوند. با استفاده از SDS نقش بار و شکل پروتئین از بین میرود و جداسازی به آهستگی بر اساس وزن مولکولی صورت میگیرد. SDS تقریباً با همه پروتئینها باند شده و ساختمان آنها را تخریب میکند. همچنین باعث باز شدن پیوندها و از بین رفتن ساختمان فضایی پروتئینها شده و پروتئینهای
    میلهای شکلی را ایجاد میکند که به آسانی داخل ژل حرکت میکنند. این دترجنت با نسبت ثابت 4/1گرم بر هر گرم پروتئین، به همه پروتئینها میچسبد که ایجاد بار منفی کرده و اثر بار واقعی پروتئین را محو میکند (وایتفورد ، 2005).
    از کاربردهای SDS-PAGE میتوان به اندازهگیری میزان خلوص پروتئینها، تعیین جرم مولکولی نسبی پروتئین، شناسایی تنوع پروتئینها، تهیه نقشههای پپپتیدی و … اشاره کرد (سیمپسون ، 2003).
    مطلب مشابه :  منابع مقاله درباره ابعاد سرمایه اجتماعی و مدیریت محله محور

  • 2- مواد و روشها
    2-1- نمونه برداری از مزارع آلوده سیبزمینی
    در بهار، تابستان و پاییز سال 1386 طی بازدیدهای به عمل آمده از مزارع سیبزمینی در مناطق کشت این محصول در استان همدان شامل بهار، رزن و کبودرآهنگ، اقدام به جمعآوری
    نمونههای گیاهی مشکوک به آلودگی به بیماری خال سیاه و پژمردگی باکتریایی گردید. در هر منطقه سعی شد از مزارع مختلف نمونهبرداری صورت گیرد. بخش‌هایی از هر مزرعه به صورت تصادفی انتخاب شده و از نظر وجود گیاهان آلوده مورد بررسی قرار گرفتند. به منظور جمع آوری گیاهان آلوده به باکتری بوتههای دارای علائم پژمردگی، زردی و کاهش رشد انتخاب شدند. برای اطمینان از وجود باکتری در گیاه، ساقه بریده شده در آب قرار داده شد، پس از گذشت 15 دقیقه پلیساکاریدهای خارج سلولی به صورت رشتههایی به رنگ سفید شیری از آوندهای چوبی به بیرون تراوش کردند. همچنین غدههای دارای حلقه آوندی قهوهای رنگ نیز از مزارع و بازار ترهبار جمعآوری گردیدند.
    قارچ عامل بیماری خال سیاه معمولاً اواخر فصل خسارت بیشتری وارد میسازد و روی ساقهها و ریشههای خشک شده بیشتر از ساقهها و ریشههای تازه دیده میشود. بوتههای آلوده به خال سیاه دچار زردی بوده و نسبت به بوتههای دیگر ضعیفتر میباشند. بوتههای مشکوک از خاک خارج شده و ریشههای آنها به دقت مورد بررسی قرار گرفتند. در صورت وجود آلودگی، پوست روی ریشه‌ها کنده شده و میکرواسکلروتهای کوچک و سیاهرنگ قارچ روی ریشه و در قسمت پایین ساقه کاملاً قابل مشاهده بودند.
    به این ترتیب بوتههای مورد نظر از مزارع جمعآوری و درون پاکتهای کاغذی با ذکر محل و تاریخ جمع‌آوری به آزمایشگاه منتقل و تا زمان کشت درون یخچال نگهداری شدند. لیست مناطق نمونهبرداری در جدول 2-1 آمده است.
    2-2- جداسازی عوامل بیماریزای قارچی و باکتریایی از قسمتهای آلوده
    2-2-1- جداسازی جدایههای C. coccodes
    برای جداسازی C. coccodes از گیاه، ابتدا بخش‌هایی از ریشه که دارای علائم بیماری بودند، جدا و با آب به خوبی شسته شدند. قطعات مورد نظر بعد از خشک شدن، در اتاق کشت و در زیر هود میکروبیولوژی در کنار شعله، با اسکالپل استریل به قطعات کوچک به اندازه پنج میلیمتر مربع تقسیم شدند بهطوری که در هر قطعه، هم بافت آلوده و هم بافت سالم وجود داشته باشد.
    جدول 2-1- مناطق نمونهبرداری شده برای جداسازی قارچ C. coccodes و باکتری
    R. solanacearum، تاریخ جمعآوری و بافتهای گیاهی جمعآوری شده
    ردیف منطقه نمونهبرداری تاریخ جمعآوری بافت گیاهی
    1 لالجین بهار 1386 ساقه
    2 دهپیاز تابستان 1386 کل گیاه
    3 ینگیجه تابستان 1386 ساقه و ریشه
    4 ینگیجه تابستان 1386 غده
    5 دستجرد تابستان 1386 ساقه و ریشه
    این نوشته در آموزشی ارسال شده است. افزودن پیوند یکتا به علاقه‌مندی‌ها.